No plano metodológico o programa destaca-se pelos distintos processos de investigação, adaptação e construção de modelos e de técnicas capazes de dar suporte ao desenvolvimento das pesquisas. As ações se realizam na busca de solução em torno de problemas complexos, característicos da Ciência da Informação e das áreas afins que demandam um olhar multidisciplinar.
Para ampliar a formação, em termos metodológicos e técnicos o programa contará com o Laboratório Multiusuário de Humanidades Digitais. O Laboratório é destinado a desenvolver e aplicar métodos e técnicas de pesquisa que resultem na produção, sistematização, tratamento e organização de informações (bases de dados, material áudio-visual, entrevistas, dentre outros) disponibilizadas em formato digital. A partir dos experimentos do laboratório será disponibilizado um Portal de Acervos Documentais Digitais constituído de: mídias colaborativas, bases de dados e documentos eletrônicos; bases terminológicas especializadas (dicionários, tesauros e folksonomias) resultantes dos distintos projetos dos pesquisadores e discentes do PPGCI.
A formação do PPGCI propicia também a oportunidade de contato dos discentes com grupos de pesquisa internacionais, a partir de projetos de intercâmbio que vêm sendo firmados pelos docentes do programa com universidades europeias (França, Espanha e Portugal), norte americanas (Flórida), latino americanas (Argentina, Uruguai, Colômbia, Costa Rica, Haiti) e africanas (Moçambique e Angola). Os discentes participam desses intercâmbios pela inserção em programas de doutorado sanduíche, participação em grupos de pesquisas de seus orientadores e frequência a palestras e seminários ministrados por professores estrangeiros e pelo convívio com colegas de outros países que tem realizado sua formação no PPGCI.